アレン研究所とGoogleが免疫システムを調査するプラットフォーム構築で提携
シャーロット・シューベルト著
アレン免疫学研究所は水曜日、人間の免疫システムを紹介する新しいインタラクティブ・プラットフォーム「Human Immune System Explorer」を公開した。
Googleとの提携により構築されたこのエクスプローラーは、研究者や一般の人々が分析ツール、リソース、データを見つけるための中心的な場所です。このプラットフォームは、アレン研究所全体で拡大を続けるアレン細胞エクスプローラーやアレン脳マップといった類似のリソースのツールキットに追加されます。
アレン研究所がVertex AIなどのGoogleのクラウドサービスを活用してこのようなプラットフォームを構築したのは今回が初めてです。Googleのチームは研究所の研究者と毎週会合を開いています。「彼らはアレン研究所の研究者と協力することに非常に熱心に取り組んでいます」と、免疫学研究所のソフトウェア開発、データベース、パイプライン担当ディレクターのポール・マイヤー氏は述べています。
プラットフォームが成熟するにつれ、世界中の免疫学研究者によって広く利用され、彼らがデータをプラットフォームに追加するようになると、マイヤー氏は予想しています。このプラットフォームは、健康な人だけでなく、COVID-19やがんなどの疾患を持つ人における、様々な細胞型、分子、その他の免疫の側面を追跡します。現在、プラットフォームには以下のような機能があります。
- 同じ人物の分子データと臨床データを長期にわたって収集する方法を説明したプロトコル。
- TEA-seq と呼ばれるデータ視覚化アプリは、単一の免疫細胞から、細胞表面のタンパク質、細胞内の RNA、どの遺伝子が活性であるかを示す「エピジェネティック」情報の 3 種類のデータを同時に取得します。
- サンプル処理の遅延が免疫細胞にどのような影響を与えるかを示すインタラクティブなデータ視覚化ツール。
- 異なる時点からの複数の種類の患者データを視覚化する方法。PALMO (縦断的マルチオミクスデータを解析するためのプラットフォーム) と呼ばれます。
このプラットフォームは、ヒトにおける免疫系研究で収集される膨大なデータのカタログ化、可視化、分析を簡素化することを最終目標としています。当研究所は、オープンで協調的な学際的科学の推進を目指しています。
例えば、アレン研究所の研究者たちは、長期COVID患者の免疫系を調査する研究に携わっています。科学者たちは、初回感染時およびその後数週間にわたって患者の免疫細胞表面に存在するタンパク質をカタログ化しています。最近、彼らは長期COVIDに関連するタンパク質群を発見し、感染者の一部に高レベルの炎症があることを示唆しています。このデータは最近プレプリント研究として発表され、まもなく新しいプラットフォームに入力される予定です。
Google Cloud CEOのトーマス・クリアン氏はツイートで、自身のチームとアレン研究所の共同研究に刺激を受けたと述べた。「ここ数年、病気の診断と治療における連携の重要性が注目されています」と彼は述べた。
マイヤー氏によると、研究室の科学者と10人のソフトウェア開発者からなる多分野にわたるチームが、約3年かけて新しいプラットフォームを構築したという。「チームサイエンスとチーム開発の努力こそが、アレン免疫学研究所の真の力なのです」と彼は語った。
研究者たちは、プラットフォーム上で表現される被験者の多様性を高めることにも注力しています。最終的には、ユーザーが既存の病状、社会的状況、その他の要因でデータセットをフィルタリングできるようになるかもしれません。
