オープンソースプロジェクトはウイルスの遺伝子データを使用して、科学者がリアルタイムでアウトブレイクを追跡するのを支援します
クレア・マクグレイン著
ジカ熱やエボラ熱のようなウイルスの流行時には、適切な情報を適切なタイミングで入手することが極めて重要です。流行を追跡する最良の方法の一つは、ウイルスのゲノムを地図上に描き出すことですが、科学者たちはそれを可能にする簡便なツールを持っていません。
トレバー・ベッドフォード博士がその問題の解決策を持っているかもしれない。
ベッドフォード氏はシアトルのフレッド・ハッチンソンがん研究センターの進化生物学者であり、スイスの科学者リチャード・ネーアー博士とともに、ウイルス発生の進化を追跡するオープンソース・プラットフォーム「Nextstrain」の共同開発者でもある。
プロジェクトのGitHubページにあるコードを使用することで、科学者はウイルスの遺伝物質に関するデータをその進化の地図に変換することができます。このツールのプロトタイプは、すでにジカウイルスとエボラウイルスのDNAデータから地図を作成しています。
本日、このプロジェクトは初のオープンサイエンス賞を受賞し、Nextstrain プラットフォームを構築してあらゆるウイルス発生時に簡単に使用できるようにするための 23 万ドルの資金も獲得しました。
このコンテストと資金提供は、英国国立衛生研究所（NIH）が英国に拠点を置くウェルカム・トラストおよびメリーランド州のハワード・ヒューズ医学研究所（HHMI）と共同で実施する取り組みです。その目的は、オープンデジタルコンテンツを活用したグローバルヘルスプロジェクトを表彰し、投資することです。このアプローチは、世界中に散らばる科学者間でほぼ瞬時に連携する必要がある分野に大きな影響を与える可能性があります。
通常、疫病に関するデータは研究のために収集され、数週間または数ヶ月後に論文が学術誌に掲載されて初めて公開されます。ベッドフォード氏とネーハー氏は、Nextstrainがこのシステムを回避し、研究者が協力してリアルタイムでデータを共有するのに役立つことを期待しています。
フレッド・ハッチ研究所の受賞を発表するニュースリリースで、ベッドフォード氏は、プロジェクトのオープンな性質により、科学者がウイルスのDNAに関する個々のデータポイントを、ウイルスがどのように変異し、広がっているかを示すロードマップに変換できるようになると述べた。
「誰もがシーケンシングを行っていますが、ほとんどの人は望むほど完璧に、あるいは迅速にシーケンシングを行うことができていません」とベッドフォード氏はリリースで述べています。「私たちはこのギャップを埋め、世界保健機関（WHO）や米国疾病予防管理センター（CDC）といった機関が、それぞれの業務をより良く行える分析ツールを利用できるようにしたいと考えています。この取り組みによって、私たちのソフトウェアがより多くの人々に利用されるようになることを願っています。」
しかし、オープンソース プロジェクトには利点があるものの、学術研究の競争的な性質により、特に独自の研究成果の公開が重視されるため、科学者は互いにデータを共有することを躊躇することがよくあります。
「このNextstrainプラットフォームは、データを共有するための中立的な場を提供するという考え方です」とベッドフォード氏は述べた。「派手な論文を書こうとしているわけではありません。ただ、（データを）ウェブサイトに掲載することで、人々が最新の情報を確認し、出版慣行に縛られることなく分析を行えるようにしたいのです。アウトブレイク発生時のこのようなシンプルな配列共有は、（科学）コミュニティを少しでも後押しできれば、感染症対策に実社会で貢献できる可能性があります。」
プレスリリースでは、多くの科学者がエボラ出血熱の流行に関するデータを共有している一方で、最近のジカ熱の流行に関するデータを共有している科学者ははるかに少ないことも指摘されています。ベッドフォード氏は、Nextstrainがこうした共同研究をより迅速かつ容易に、そしてより広く普及させるためのツールとなることを期待していると述べました。
