ID Genomicsコンソーシアムは、医師の感染症診断を支援するために細菌の「指紋」の全国データベースを構築します
クレア・マクグレイン著
細菌が私たちの生命地図の中でほぼ一つの界を占めるのには理由があります。細菌は限りなく複雑で多様な微生物のグループであり、細菌感染症の患者が治療を必要とするときに深刻な問題になる可能性があるからです。
現在、医師は患者の体がどの細菌と戦っているかを推測することができますが、細菌を培養して確実に治療方法を知るには依然として最大 3 日かかります。
シアトルに拠点を置くID Genomics社は、細菌の遺伝子の「指紋」を識別し、そのマーカーを、それぞれの細菌を治療するのに最適な薬剤を含む情報データベースに1時間以内に接続できる2つのデバイスで、この状況を変えたいと考えている。
本日、このスタートアップ企業は、全国8つの病院と診療所からなるコンソーシアムを結成し、この技術を活用し、スタートアップ企業のデータベースに貢献することを発表しました。ID Genomicsの創設者であるエフゲニー・ソクレンコ博士は、コンソーシアムの支援により、このシステムは細菌感染症の治療に革命をもたらす可能性があると述べています。
ワシントン大学の研究室でID Genomicsの技術を開発したソクレンコ氏は、細菌感染を診断する現在の方法では医師たちは何も分からない状態だとGeekWireに語った。
ソクレンコ氏によると、医師が患者の細菌感染を疑う場合、その細菌とその治療法についてほとんど何も知らないという。つまり、地域によっては誤診率が35～40%にも達する可能性があるという。
ソクレンコは、細菌感染症を診断するためのより良い方法を模索し始めました。細菌のDNAを研究し始めた彼は、DNAがスイッチのオンオフのように、存在するか存在しないかの明確な領域で構成されていることを発見しました。
「そして、これらの種類の領域全てについてDNAを分析し始めると、それぞれの細菌の長いバイナリコードのリストが作成されます。つまり、存在か不在かを示すバイナリ指紋、つまり「ゼロか1か」、つまり固有の指紋のようなものが作られるのです」と彼は言いました。
この指紋は、各細菌が固有のコードを持っていることを意味し、ID Genomics はそのコードを使用して細菌に関する情報をデータベースに入力します。
「犯罪者データベースや警察データベースにアクセスして指紋を抽出するようなものだ」とソクレンコ氏は語った。
このデータベースには、細菌の治療法に関する情報だけでなく、警察のファイルのように、細菌の病歴や既知の関連情報も含まれています。これにより、個々の感染症が単独で存在するのではなく、個々の細菌や細菌株を時空を超えて追跡できるようになります。
ソクレンコ氏は、これは細菌がどのように移動し、広がり、進化するかについてのまったく新しい洞察を提供するものだと述べた。
現在、細菌の指紋を特定するID Genomics社のCLoNeTと、そのIDをデータベースに接続するBactNeTは、シアトルのキャピトル・ヒル地区にあるグループ・ヘルス緊急医療センターで観察臨床試験が行われています。この技術は、シアトルのグループ・ヘルス・コーポラティブ、シアトル小児研究所、ハーバービュー・メディカルセンターなど、コンソーシアムに参加する病院やクリニック、そしてロサンゼルス、ニューヨーク市、ミネアポリスの医療センターでもまもなく使用される予定です。
ID Genomics は 2013 年にワシントン大学から独立し、現在はシアトルのオフィスとワシントン州ベルビューの研究所で 10 名の従業員を抱えている。
