今週のギーク：ジャレッド・ローチ、システム生物学研究所
ジャレッド・ローチは、蝶ネクタイを着ける自信とスタイルを持つ、今週のギークの第一人者であるだけでなく、我々の最初の計算生物学者でもあります。そして、彼とシアトルのシステム生物学研究所の彼のチームは、この分野で大きな進歩を遂げたことを公表したばかりです。
先週、アメリカ人類遺伝学会誌に掲載された論文で、科学者が染色体を23対ではなく46個の個体として研究できるアルゴリズムが発表されました。これは非常に大きな成果です。その重要性を理解してもらうために、例えば学校で双子を育てていて、これまでは二人分の成績表を一枚しかもらえなかったのが、これからは双子それぞれに別々の成績表がもらえるようなものです。
以下のQ&Aでは、ローチ氏がこの研究に関する質問と、今週のギークアンケートの残りの質問に回答しています。皆さんも楽しんでいただければ幸いです。
名前：ジャレッド・ローチ
仕事、趣味、その他オタク的な活動：システム生物学研究所の計算生物学者。カヌーアイランド・フレンチキャンプとシアトル囲碁センターの理事も務めています。
あなたの仕事で一番素晴らしいことは、ゲノムを扱えることです。学部生の頃は、こんなデータが手に入るなんて想像もしていませんでした。
簡単に言うと、あなたの最新の研究はどのような意味を持つのでしょうか？ ほとんどの人（科学者でさえも）は、ゲノムを23対の染色体と考えています。UCSCのゲノム研究のウェブサイトを見れば、ヒトゲノム計画で24の配列が生成されたことがわかります。22対の正常（常染色体）染色体それぞれに1つの配列、そしてX染色体とY染色体に1つずつです。このゲノムの見方は、医学遺伝学にはうまく当てはまりません。医師が患者のゲノムを最も適切に解釈するには、46対すべての染色体の配列が必要になるからです。
私たちは、家族内の各個人の染色体ペアごとに混合配列（遺伝子型）を取得し、そのデータをデコンボリューションすることで46本の染色体配列すべてを取得する手法を開発しました。この手法は、染色体の基本構造と生物学的機能に関する新たな知見をもたらすだけでなく、医療におけるゲノム解釈を可能にすることが期待されます。
高校生が気にすべきことはありますか？ 遺伝学の教科書は過去50年間でますます複雑になり、不完全なデータセットを扱うために統計遺伝学という分野全体が発展しました。今では完全なデータが得られているので、教科書を簡素化し、遺伝子解析をはるかに容易にすることができるはずです。
あなたにとって科学者であることはどういう意味ですか？ 私は決して飽きません。他の職業では、似たような仕事の繰り返しになってしまいます。私が直面する問題や課題は常に変化しています。科学者であることは、ますます、学際的な環境でチームの一員として働くことを意味しています。これは気象学などの物理科学では古くから当てはまっており、今では生物学にも当てはまります。
バイオテクノロジーは人類にとって長期的な展望となるでしょうか？ バイオテクノロジーは「ヘルスケア専門職」を「健康専門職」へと変革するでしょう。病気は減少し、人々はより長く健康を維持することに重点を置くようになるでしょう。
今までに作ったもの、作ったもの、身につけたものの中で一番オタクっぽいもの： ある週末、友人グループが研究室に集まっていた時に、ネイチャー誌に掲載された純粋に理論的な記事を読みました。その記事は、回転するコインが空気のクッションを押し出すことで特定の方向に揺れるというものでした。私たちはその主張に嘘を感じたので、強磁性体のコイン（私たちの一人はオランダ人でした）を見つけ、磁石を使って真空中でコインを回転させました。すると、コインは同じように揺れました。ネイチャー誌の記事に対する私たちの反応は、公共ラジオの「オール・シングス・コンシダード」で取り上げられました。これは私が今までにやった科学の中でも最も些細なことの一つに違いありませんが、それでも多くのメディアで取り上げられました。
フレンチキャンプに参加するって、オタクっぽいって感じですか？フランス語ってかっこいいですよね。 ええ、フレンチキャンプはすごくクールです。でも、キャンプでは自然科学をたくさん学びます。キャンプはサンファン諸島の島で行われるので、すごく楽しいんです。キャンプディレクターは以前、オレゴン科学産業博物館のサマーキャンプを運営していました。私はシアトル囲碁センターでも働いています。囲碁の遊び方を知っていることは、オタク生活の重要な部分です。
日々の仕事と生活をうまくやりくりするための最高のヒントやコツ： ランディ・パウシュの教えを実践しましょう。目標達成と時間管理に関する彼の講義は必見です（彼のウェブサイトまたはiTunes Uで見つけることができます）。
Mac、Windows、それともLinux？ Macintosh。UNIXオペレーティングシステムは多くの科学アプリケーションをサポートしています。Macは長年にわたりゲノムシーケンシングで高い普及率を誇っています。初代ABI 370自動DNAシーケンサーは、クラシックなmacOSを搭載したMacに同梱されていました。
カーク、ピカード、ジェインウェイ、それともシスコ？ ピカードとジェインウェイはどちらも優れたチームリーダーです。ジェインウェイは自発的なイノベーションに優れており、それが彼女の強みとなっています。ジェインウェイは免疫学でも名声を博しています。
ワトソンとクリック、それともコーエンとボイヤー？ ロザリンド・フランクリン、レスリー・シュー、そしてアニー・チャン。チームサイエンスに報いるより良い方法を見つける必要があると同時に、私たち全員を代表する少数の個人、つまり私たちの「スーパーヒーロー」を残す必要がある。
転送装置、タイムマシン、それとも透明マント？ タイムマシン。ガリレオと会話してみたいですね。でも、ルネサンス時代のイタリア語を学ぶには時間がかかりそうです。彼がフランス語を話せるかどうか、誰か知っていますか？
もし誰かが私にスタートアップを立ち上げるために100万ドルくれたら… 患者は自分のゲノム配列のURLを持って診療所を訪れるようになるでしょう。医師は、クラウドからこれらの配列を取得し、意味のある方法で解釈するためのスマートフォンアプリを必要としています。通常は15分の診察時間内で行われます。このようなアプリの開発は大きなチャンスです。Omiciaや他のいくつかのスタートアップがこの方向に進んでいるかもしれませんが、今のところチャンスはまだ開かれています。
私はかつてパリのピカソ美術館で列に並んだことがあります 。
あなたのロールモデルはリチャード・ファインマンです。彼はオタクの心に響く素晴らしい本をいくつか書きました。「他人がどう思おうと気にするな」というのが、オタクの核心的なマントラと言えるでしょう。
史上最高のガジェット： 吹き矢。青銅器時代に冶金技術に革命をもたらした吹き矢は、今では太平洋岸北西部の湿気の多い秋に火の煙を抑えるのに役立っています。
最初のコンピューター: TRS-80。
最初の科学実験： 5歳の時、爆弾みたいなレゴブロックを見つけたので、裏に紐を結んで導火線にし、紙飛行機に取り付けて、近所のガレージの屋根に登り、マッチで火をつけて空に放り投げました。遠くまで飛んでかっこよく見えるだろうと考えたのですが、観察してみると炎は消え、飛行機の軌道はほぼ真下に落ちていきました。それ以前は、周りの大人たちによくある赤ちゃんの実験をしていました。パトリシア・クールの著書『The Scientist in the Crib』を読んでみてください。
現在の携帯電話： Samsung Impression。妻はiPhoneを使っています。どこへ行くにも彼女を連れて行きます。
お気に入りのアプリ： 山の識別アプリ。ワシントンのアプリはまだ見たことがありませんが、スイスのアプリはあります。
お気に入りのたまり場：The Enchantments。
好きな活動：ワシントン公共政策フレンズ委員会。これは、刑務所改革のためのロビー活動などを行う小規模な擁護団体です。人々は犯罪者に対して怒りを抱く傾向があるため、囚人の利益になるように見える活動を支持することはあまり一般的ではありません。しかし、犯罪を減らす最良の方法は、刑務所から釈放された人々が犯罪者にならないために必要なスキルを身に付けられるようにすることです。
2011 年の最も重要な技術: 全ゲノム配列解析。
2015 年の最も重要なテクノロジー: パーソナライズされたプロテオーム解析。
仲間のオタクへのアドバイス： オーバートレーニングは簡単です。ビル・ゲイツは早くからこのことに気付き、大学を中退しました。目標を達成できるだけの知識を身につけ、それから目標達成に向けて努力しましょう。
サイト: www.systemsbiology.org、www.canoeisland.org、www.seattlegocenter.org
「Geek of the Week」は、太平洋岸北西部のテクノロジーコミュニティの個性あふれる人物を紹介する定期企画です。詳しくは「Geek of the Week」のアーカイブをご覧ください。
あなたのお知り合いの中に、この栄誉に値する方がいらっしゃいますか？推薦をご希望の方は、 [email protected]までお送りください。
[今週のギークの写真は Annie Laurie Malarkey、[email protected] によるものです。]
