便は不要：研究者らは倒産したスタートアップ企業アリヴァルのデータを活用し、腸内細菌叢の多様性を調べる血液検査を開発
ジェームズ・ソーン著
腸内細菌叢（腸内に存在する、健康全般に関わる細菌群）で何が起こっているのかを知りたいなら、喜んで協力してくれる企業がたくさんあります。料金を支払い、便のサンプルを送るだけでいいのです。
しかし、腸内環境を詳しく知る方法は、便を瓶詰めするだけではないことが確認されました。シアトルのシステム生物学研究所（ISB）の研究者たちは、血液検査でマイクロバイオームの状態を調べる新しい方法を考案しました。
近年、マイクロバイオーム関連のスタートアップ企業が急増しています。Finch TherapeuticsやMaat Pharmaのように、特定の疾患に対する創薬を目指す企業もあれば、シアトルに拠点を置くViomeのように、マイクロバイオームに関する知見を消費者に直接販売し、健康全般に貢献する企業もあります。
マイクロバイオーム研究はまだ比較的初期段階にあるため、腸内細菌叢から得られる知見がどれほど有用であるか疑問視する批評家もいます。そのため、ISBの研究者たちは微生物の多様性に焦点を当てることにしました。
「多様性自体と臨床的な健康状態との間には、良好な相関関係は見られません。しかし、多様性が大きなリスク要因となる特定のケースも存在します」と、本日Nature Biotechnology誌に掲載された本研究でネイサン・プライス博士と共同研究を行ったショーン・ギボンズ博士は述べています。
ギボンズ氏によると、マイクロバイオームの多様性の低さは、クロストリジウム・ディフィシル（C. diff）感染症の再発患者にとって強力なリスク要因となる。C. diffは生命を脅かす可能性のある細菌であり、抗生物質治療後も患者の約3分の1で再発する。
「このような再発性感染症は患者にとって非常につらいものです」とギボンズ氏は述べた。「この悪循環を回避できれば、医療費を削減できるだけでなく、命を救い、苦しみを大幅に軽減できるはずです。」
クロストリジウム・ディフィシル感染症の患者は糞便移植で治療できますが、これは抗生物質が効かなくなった場合にのみ行われます。ギボンズ氏は、血液検査によってクロストリジウム・ディフィシル感染症の再発リスクのある患者を事前にスクリーニングし、苦痛な悪循環を回避できると考えています。
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この検査を開発するにあたり、研究者らは、健康増進を通じて人々の健康増進と病気の予防を支援することを目的としたシアトルの新興企業、アリベールが収集したデータに大きく依存した。
アリバレは、高額なサービスの市場開拓に失敗し、4月に閉鎖されました。しかし、アリバレとISBの共同創業者であるリー・フッド博士は、このスタートアップから多くのデータと技術を救い出し、ISBに持ち込みました。
このリソースにより、プライス氏とギボンズ氏は、マイクロバイオームの配列解析や血液検査などを受けた数百人のアリベール元顧客に関する広範なデータを入手しました。研究者たちは、11種類の血液代謝物を調べることで、マイクロバイオームの多様性が非常に低い可能性のある個人を予測するモデルを訓練することができました。アリベールの顧客は、研究目的でのデータの使用に同意し、情報は匿名化されました。
ISBの研究は、個人データクラウドが生物学や病気への新たな洞察をどのようにもたらすかを示す「素晴らしい例」だとフッド氏はGeekWireへのメールで述べた。
研究者たちはまた、腸内多様性の「ゴルディロックスゾーン」とも言える領域を発見した。腸内多様性が低い人は下痢や炎症を起こしやすいのに対し、腸内多様性が非常に高い人は便秘や血中毒素が多い傾向があった。
ISBの研究者たちは、Arivaleのデータの助けを借りれば、マイクロバイオームに関するより多くの知見が得られると考えています。「マイクロバイオームをどのように操作するかについて、実用的な知見につながる真のマップを構築しようとしています」とギボンズ氏は述べています。
このデータセットの欠点の一つは、アリベールの顧客である可能性が高い白人で健康志向の高い層に偏っていることだ。「やや偏ったサンプルです」とギボンズ氏は述べた。
将来的には、ISB は Providence St. Joseph Health と提携し、研究者がより代表的な集団にアクセスできるようにする予定です。
