ワシントン大学発のスピンアウト企業A-Alpha Bioがタンパク質発見プラットフォームに2000万ドルを獲得
A-アルファ・バイオはシアトルの中心部に研究室を建設し、治療用タンパク質を特定する事業のために2,000万ドルの新たなベンチャー資金を得て機械学習チームを強化すると、同社は木曜日に発表した。
ライフサイエンス分野に進出しているテクノロジー中心の企業であるシアトルのマドロナ・ベンチャー・グループがシリーズAラウンドを主導した。
この資金調達により、同社はワシントン大学から助成金を受けて280万ドルのシード資金を得たスピンアウト企業から、COVID-19やその他の病気の潜在的な治療法の開発を支援する本格的なバイオテクノロジー企業へと飛躍することになる。
同社が分析するタンパク質が多ければ多いほど、その精度は向上します。A-Alpha Bioは、データセットから得た情報を活用してアルゴリズムを訓練し、好ましいタンパク質相互作用を予測します。
「時間の経過とともに、私たちはタンパク質相互作用データの膨大なリポジトリを蓄積しており、それを機械学習などの計算ツールで使用して、タンパク質相互作用をより深く理解し、設計することもできます」とCEOのデビッド・ヤンガー氏はGeekWireとのインタビューで語った。
ヤンガー氏は、ワシントン大学タンパク質設計研究所の大学院研究員時代に開発に携わった技術を活用し、2017年にCTOのランドルフ・ロペス氏とともに同社を設立した。
医薬品開発プラットフォーム企業は、計算ツールと酵母実験を組み合わせ、治療効果の高い可能性のあるタンパク質を同定しています。製薬会社と提携し、様々な疾患に対する最適な薬剤の探索を支援しています。
この技術は、様々なタンパク質またはタンパク質断片を発現するように改変された単細胞酵母のプールを用いています。2つのタンパク質が相互作用すると、酵母は融合し、相互作用するタンパク質は実験的および計算的手法を用いて特定されます。この手法は、抗体がウイルスタンパク質に強く結合するなどのタンパク質相互作用を特定できます。
A-Alpha Bioは、タンパク質の相互作用を測定するための高精度と大量サンプル採取という理想的な条件を満たしており、他社に対して優位に立っているとヤンガー氏は述べた。
「歴史的に見て、高品質か大量かという非常に劇的なトレードオフがあり、その両方を最大化するのは非常に困難でした」と彼は述べた。この分野で事業を展開している他の企業としては、アディマブ社やディストリビューテッド・バイオ社などが挙げられる。
A-Alpha Bio社は、ビル＆メリンダ・ゲイツ財団、Twist Biopharma社、そしてシアトルに拠点を置くLumen Biosciences社という3つの大手製薬会社と提携している。Lumen Biosciences社は藻類スピルリナから治療用タンパク質を培養しており、シアトルの元パン屋に新しい生産工場を建設する計画を最近発表した。
ヤンガー氏と彼の同僚は最近、COVID-19ウイルスの変異体に対する抗体を特定する研究で、この技術を披露しました。このような抗体は、COVID-19の治療薬として利用できる可能性があります。
研究者たちは、様々な抗体と様々なウイルス変異体のタンパク質を発現する酵母から出発しました。「これらをすべて一つの容器に入れ、全ての相互作用をマッピングし、どの抗体が適切なプロファイルを持つかを決定します」とヤンガー氏は述べています。この論文はプレプリントサーバーBioRxivに掲載されており、査読はまだ行われていません。
A-Alpha Bioは抗体の同定に加え、「分子接着剤」の標的も発見しています。この「接着剤」は、標的タンパク質と、その除去を助ける細胞調節因子を結びつけます。「これは本質的に、特定のタンパク質を標的として分解する方法です」とヤンガー氏は述べています。同様の技術は、ブリストル・マイヤーズ スクイブの子会社であるセルジーン社に数十億ドルの収益をもたらした化学療法薬レブラミドにも応用されています。
A-Alpha Bio社は、タンパク質の折り畳みを予測するツールにIPDが開発した計算手法も活用しています。IPDのRoseTTAFoldと呼ばれるツールと、DeepMind社が開発した同様のツールは、最近、タンパク質の折り畳みを予測する速度と精度でライフサイエンス界を驚かせました。
これらのツールは、既知のタンパク質のフォールディングに関する既存の膨大なデータセットによって可能になりましたが、タンパク質間相互作用を予測するためのトレーニングセットは依然として限られています。しかし、A-Alpha Bioはデータベースの構築を進める中で、この状況は変化していくと考えています。
A-Alpha Bioは、1回の実験で何百万ものタンパク質相互作用を測定できるとヤンガー氏は述べた。「そして、この量のデータを使用して、タンパク質間の結合のルールを本質的に学習する機械学習モデルのトレーニングを開始できます。」
「私たちのビジョンは、与えられた未知のターゲットに対して本質的にコンピューター内で抗体の予測を行えるようになることです」と彼は付け加えた。
ラボ科学と計算アプローチの組み合わせはマドロナにとって新たな投資分野であると、マネージングディレクターのマット・マキルウェイン氏が以前GeekWireに語っていた。
数十年の歴史を持つこのベンチャー企業は、従来はテクノロジー企業に投資してきましたが、「イノベーションの交差点」に位置する企業への支援をますます強化しています。生物学とコンピューターサイエンス、データサイエンスの接点に位置する企業には、Nautilus Biotechnology、TwinStrand Biosciences、Ozette、Terray Therapeuticsなどがあります。
「機械学習、コンピューティング能力、ウェットラボの自動化の進歩が融合するにつれ、さらに多くの企業がパラダイムシフト的な方法で研究課題に取り組むようになると予想しています」と、マクイルウェイン氏とマドロナのパートナーであるクリス・ピカード氏は、新たな資金調達に関するブログ投稿で述べた。
A-Alpha Bioは現在13名の従業員を抱えており、今後2年以内に機械学習チームの構築を進めながら、約50名に拡大する予定です。パンデミック以前は、「チームを可能な限り地元に留めるという強い信念を持っていました」とヤンガー氏は語ります。
しかし、多くの事業と同様に、A-Alpha Bioもリモートワークを効果的に行う方法を学び、社外での採用にも積極的です。ヤンガー氏は次のように述べています。「私たちは最近、いかなる状況下でも人材を犠牲にしたくないと悟りました。」
同社はベルタウン地区の既存のオフィススペースを新たな研究所用に改装している。ヤンガー氏によると、酵母を使う利点の一つは、維持管理がそれほど必要ないことだという。
「酵母をモデル生物として扱うことの本当に素晴らしい点の一つは、インフラ面でのニーズが非常にシンプルなことです」とヤンガー氏は語る。「シアトルの空き研究室スペースの1%をめぐって他のバイオテクノロジー企業と争う代わりに、オフィススペースに移転し、私たちのニーズをすべて満たす研究室へと全面的に転換できるのです。」
同社は、COVID-19などの病気のワクチンを開発しているIcosavaxの最近のIPOに続いて、新たな資金を獲得した最新のIPDスピンアウト企業である。
シリーズAの資金調達ラウンドには、マドロナに加え、パーセプティブ・エグゾトジェニー・ベンチャー・ファンドとルクス・キャピタルも参加しています。A-Alpha Bioは、OSファンドが主導するラウンドでシード資金を調達しており、ゲイツ財団と米国国立科学財団からの助成金も受けています。
Xontogeny 社の Ben Askew 氏と、Fred Hutchinson Cancer Research Center の評議員でもある McIlwain 氏が、同社の顧問委員会に加わった。
