コロナウイルスの進化に関する研究がソーシャルメディア上で科学者の間で論争を巻き起こす
COVID-19の原因であるコロナウイルスは、より危険な病原体へと変化しているのでしょうか？それとも、そのような主張は誇張されているのでしょうか？
ウイルスの進化をめぐる急速に進む議論は、コロナウイルスの発生過程に関するまだ検証されていない報告がいかにして、うーんと、拡散するか、そしてパンデミックの背景にある科学に関する世界的な議論においてソーシャルメディアチャンネルがいかに重要になっているかを示している。
COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の性質は、この疾患が極めて致死的で混乱を引き起こすことから、非常に大きな関心を集めています。ジョンズ・ホプキンス大学の報告によると、本日現在、世界中で約370万人の感染が確認され、死者数は25万人を超えています。米国ではこれまでに120万人の感染者と7万1000人の死者が出ており、最悪の事態が収束する前にその数は倍増する可能性があります。
毎日、SARS-CoV-2とCOVID-19に関する数百件の新しい研究（そのほとんどはまだ従来の査読プロセスを経ていない）がオンラインに公開され、研究者や幅広い一般大衆による精査に直面している。
今日、ある研究がいつも以上の注目を集めた。ロスアラモス国立研究所とシェフィールド大学の科学者が主導したこの研究プロジェクトは、ウイルスの14の変異体が世界中に広がる過程を調査したものだ。
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論文は先週、BioRxivプレプリントサーバーに提出されましたが、まだ査読は行われていません。論文では、D614Gと呼ばれる特定の変異株が「緊急の懸念」があると結論付けられています。この変異株は、中国で発生したウイルスの亜種の子孫であり、2月初旬にヨーロッパで感染拡大を開始し、最終的には世界各地に広がりました。
「新しい地域に導入されると、繰り返し急速に優勢な形態になる」と研究者らは指摘した。
懸念されていたのは、ウイルスがより伝染性を持つように進化し、パンデミック抑制に向けた対策が期待されたほど効果を上げない可能性があることだった。研究者らは、ある変異株による感染を乗り越えた人々が、今後ますます優勢になる変異株の犠牲になる可能性があると述べている。
「ワクチンと抗体を臨床試験へと移行させるにあたり、不意打ちを食らうわけにはいきません」と、筆頭著者のベット・コーバー氏はロサンゼルス・タイムズ紙が引用したFacebookの投稿で述べた。「世界中の科学界がこの取り組みに尽力しており、科学者として30年間働いてきましたが、これまで見たこともないような形で互いに協力し合っていることを知って、勇気づけてください」
科学界がチームの結論、そしてそれが一般大衆に伝えられた方法について評価を始めるのに、それほど時間はかからなかった。コーネル大学のウイルス学者ブライアン・ワシクは、Twitterで容赦なく批判した。
https://twitter.com/BrianRWasik/status/1257655037054128130
そして、彼だけではなかった。コロンビア大学のアンジェラ・ラスムセン教授は、この報告に憤慨したという。「優勢な株が『感染力が強い』から優勢だという証拠はない」と彼女はツイートした。
ハーバード大学のビル・ハネージ氏は、金曜日に投稿した自身のTwitterスレッドで、別の説明を提示した。彼は、D614Gがウイルスの優勢な変異体になったのは、単に比喩的なサイコロの転がりによるものだと主張した。
このプレプリントが注目を集めています。パンデミックが長引くにつれて、SARS-CoV-2ウイルスがより感染力の高い形態に変異していると主張しています。控えめに言っても、これらの主張は疑わしいと思います。https://t.co/pmL7neWzR7 1/n
— ビル・ハネージ @BillHanage.bsky.social (@BillHanage) 2020年5月2日
重要な観察結果：パンデミックが複数の地域で長引くにつれ、ウイルスのスパイクタンパク質の特定の変異が、より多くの症例で確認されている。スパイクタンパク質がウイルスの細胞侵入に果たす役割を考えると、これは理にかなっていると言えるだろう。さて、冷水について。2/n
— ビル・ハネージ @BillHanage.bsky.social (@BillHanage) 2020年5月2日
選択効果（子孫を残すため変異がより一般的になる）と創始者効果（サイコロを振って幸運だったため変異がより一般的になる）を区別する必要がある。
— ビル・ハネージ @BillHanage.bsky.social (@BillHanage) 2020年5月2日
つまり、この変異株は幸運にも武漢以外の地域に持ち込まれ、早い段階でソーシャルディスタンスへの異なるアプローチが採用された可能性があるということです。問題はウイルスではなく、環境と感染機会です。4/n
— ビル・ハネージ @BillHanage.bsky.social (@BillHanage) 2020年5月2日
ハネージ氏がワシントン州のデータをどのように用いて自身の見解を裏付けているのかを知るには、15件のツイートからなるスレッド全体を読まなければならない。彼の主張の要点はこうだ。「現時点では、一つの非同義SNPによって定義される様々な系統を心配するよりも、パンデミックと戦うより良い方法がある。…もしそれが何なのか知らない人が『非同義SNP』をグーグルで検索してくれたら、私は大喜びするだろう。」
しかし、待ってください…それだけではありません。今日の午後、シアトルのフレッド・ハッチンソンがん研究センターの疫学者、トレバー・ベッドフォード氏から、より曖昧な結論が発表されました。同氏は1月からコロナウイルスの進化を追跡し始めました。それ以来、ベッドフォード氏とNextstrain、そしてシアトルインフルエンザ研究の同僚たちは、ウイルスの変異株の遺伝子指紋を比較し、世界におけるウイルスの拡散状況を解明してきました。
ベッドフォード氏は、コーバー氏らの主張を裏付ける証拠はいくつかあるが、「決定的な証拠には程遠い」と述べた。また、D614Gは現時点では他の変異株よりも優勢ではあるものの、より危険であるようには見えないとも強調した。スレッド全文は以下のとおり。
Korberら（https://t.co/ouM4IUyNrd）が提唱した、スパイクタンパク質D614Gの変異がSARS-CoV-2ウイルスの感染力を高めるという仮説について考察したいと思います。この仮説は妥当性があるものの、証明には程遠いと考えています。1/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
スパイクタンパク質の変異は、ヒトACE2受容体への結合におけるスパイクの役割を考慮すると、特に注目に値するため、私はD614Gを注意深く観察してきました。2/16https://t.co/SrQWpUwjfQ
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
このD614G変異は、2020年1月頃にヨーロッパで最初に流行を引き起こした感染経路の中で発生しました。この変異を持つほぼすべてのウイルスは、このヨーロッパへの最初の侵入から派生したものです。3/16 pic.twitter.com/ASV0j8Ubf3
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
ヨーロッパのウイルスは、創始者効果により、最初の導入時にこの変異が組み込まれているため、D614Gに富んでいます。配列決定されたウイルスにおけるDとGの地理的分布を見ると、ヨーロッパではG、アジアでは主にD、米国とオーストラリアでは混合となっています。4/16 pic.twitter.com/W6gDFu3OZ2
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
Korberらによる主要な知見は、SARS-CoV-2ゲノムの配列解析において、D614Gの頻度が時間とともに増加しているように見えるというものである。D614Gの全体的な頻度における選択的効果の解釈には強く警告する。5/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
世界的な頻度は疫学的状況と大きく絡み合っており、例えばGがヨーロッパに導入された際に幸運にも流行したため、流行している可能性もある。しかし、地域的な頻度はこうした交絡に対してより頑健であるはずである（ただし、完全にそうであるわけではない）。6/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
この図は、@nextstrainを用いてKorberらの調査結果を要約したものです。ここでは、70以上の配列が利用可能な米国とオーストラリアの州と、3月1日から4月15日までのD（緑）とG（黄）の頻度の推定値を示しています。7/16 pic.twitter.com/gGdjt88Lv8
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
このパターンは、ヨーロッパ/ニューヨーク市からの繰り返しの導入によって米国でG変異株が拡散し、ヨーロッパからの複数の導入によってオーストラリアでGが拡散したことから発生する可能性が依然として高い。9/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
Korberらが提唱する別の説明は、このパターンはG変異体の伝染性が高いためだというものです。これはあり得ると思いますが、この頻度データだけではこれらの仮説を区別することは困難です。10/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
D614Gの機能的効果に関する仮説を裏付ける更なる証拠として、シェフィールドの臨床検体においてG変異株のサイクル閾値（Ct値）が低いというKorberらの観察結果が挙げられます。これは、これらの個体群においてウイルス量が高い可能性を示唆しています。11/16 pic.twitter.com/bDj4zwKJhN
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
ここでも懸念すべき交絡因子（主に症状発現から検体採取までの時間）がありますが、2つの研究集団における再現は、DとGがCt値、そしておそらくウイルス量に影響を与えることを示唆していると考えています。13/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
Korberらの研究と私たちの分析はどちらも、患者の転帰に測定可能な影響を示さなかった。したがって、現時点での仮説は、重症度ではなく、感染力に関するものである。14/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
全体的に見て、パンデミック中の不確実性への対処に関する@edyong209の記事（https://t.co/QRAw8l37JA）を皆さんに紹介したいと思います。Gの感染力がより強いという「証拠はない」という意見には同意できません。ある程度の証拠はありますが、決定的なものではありません。15/16
— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
D614Gの機能的影響に関する不確実性は、より多くのデータが収集されるまでの間、受け入れなければなりません。必要なのは、
1. 試験管内での効果を実証するための細胞培養研究、
2. D患者とG患者のさらなる臨床比較、
3. より慎重な疫学分析です
。16/16— トレバー・ベッドフォード（@trvrb）2020年5月6日
これらの糸口を注意深く追う意志のある人々にとって、ウイルスの伝染性や変異といった直接的な疑問を超えた見返りがあります。適切な視点があれば、生の研究とソーシャルメディアの評価を組み合わせることで、科学的なソーセージがどのように作られるのかを知ることができます。まるで、解剖学の授業で文字通りの透明性を提供した昔ながらの「見える人間」人形のようです。
ベッドフォード氏自身も、シアトルで2月に開かれたアメリカ科学振興協会の年次総会のセッションで、物事がいかに急速に変化したかに驚嘆した。
「科学の進歩の仕方は本当に興味深い。論文発表まで1年も待つのではなく、非常に迅速かつオープンに進められている」と彼は述べた。「これは、今回の流行をめぐる科学コミュニケーションで起こっていることとほぼ一致している。すべてがひっくり返っているようなものだ。…世界中の科学者が素晴らしい形で団結している」
ここ数週間は、科学研究のプロセスがいかに複雑になり得るかを如実に示しましたが、同時に、その誤り訂正機構がどのように機能するかも示しました。たとえTwitter上で多少の混乱が生じるとしても、それは良いことです。
